Troszkę sie pomyliliście. W CyanogenMod (jak i w inny zrootowanych modach)aplikacje standardowo NIE DZIAŁAJĄ z uprawnieniami root. Mod ten ma zainstalowane narzędzie "su" co umożliwia odpalenie aplikacji z prawami roota ale użytkownik musi się na to zgodzić poprzez zatwierdzenie w oknie dialogowym przy pierwszym uruchomieniu aplikacji.