Poważniejsze usterki, najczęściej wynikające z zaniedbań, są już bardziej kosztowne. Niebezpieczny jest niedobór czynnika chłodzącego oraz oleju. Zaniedbania w ich uzupełnianiu mogą być przyczyną zatarcia się kompresora, co jest najpoważniejszą i najbardziej kosztowną awarią klimatyzacji. Zabrudzony filtr przeciwpyłkowy lub niedrożny osuszacz powodują małą wydajność klimatyzacji – chłodzenie jest wówczas niedostateczne.

Zdarza się też, że nieprawidłowo działa skraplacz klimatyzacji. Jest to część układu szczególnie narażona na zanieczyszczenie, gdyż jest umiejscowiona z przodu komory silnika. Do skraplacza mogą więc dostawać się pyłki, kurz, owady itp. Nagromadzenie zanieczyszczeń grozi zapchaniem skraplacza, a to z kolei staje się przyczyną niewydolności klimatyzacji. Jeśli do układu zostanie wessane zanieczyszczenie dużych rozmiarów, może ono spowodować, że skraplacz klimatyzacji w ogóle nie będzie przepuszczał czynnika chłodzącego.

Zdarza się, że po uruchomieniu klimatyzacji słychać niepokojące odgłosy. Przyczyną hałasu może być zbyt luźny pasek klinowy, uszkodzenie łożyska w kole pasowym, uszkodzenie sprzęgła sprężarki lub zatarcia jej mocowania. Do częstych awarii klimatyzacji samochodowej można też zaliczyć uszkodzenie przewodów. To z ich powodu najczęściej ucieka czynnik chłodzący. Przed jego uzupełnieniem konieczne jest sprawdzenie szczelności przewodów i w razie potrzeby naprawienie usterki. W przeciwnym razie tylko narażamy się na niepotrzebne koszty, bo klimatyzacja i tak nie będzie działać prawidłowo.