Jak podają przedstawiciele Opery na stronie z listą zmian, w wersji 9.61 przeglądarki poprawki związane z bezpieczeństwem dotyczą:

• błędu w History Search (historii wyszukiwań), który mógł być wykorzystany do ujawnienia historii przeglądanych stron, włącznie z zawartością tych stron (mogły to być np. poufne informacje),
• przycisku Fast Forward, który umożliwiał wcześniej przeprowadzenie ataku typu cross-site scripting,
• błędu w podglądzie kanałów RSS, który nie blokował odpowiednio wszystkich skryptów. Specjalnie przygotowane skrypty mogły umożliwić atakującemu zmuszenie przeglądarki ofiary do subskrypcji dowolnych źródeł, a także podejrzeć zawartość źródeł, które ofiara już subskrybowała w czytniku RSS Opery.

Opera uznała powyższe błędy za bardzo groźne, dlatego też zaleca jak najszybszą aktualizację przeglądarki.

Wraz z wersją 9.61 Opery wprowadzono także nowy silnik Opera Presto 2.1.1 oraz dokonano poprawek w interfejsie użytkownika. Naprawiono błąd w Opera Link, który powodował duplikację zakładek podczas procesu synchronizacji. Zmieniono też formę przycisku Wyświetlaj Obrazki na pasku stanu, który nie funkcjonuje już jako rozwijalne menu, tylko jak normalny przycisk.