Jak informuje Gazeta Prawna, organy podatkowe i sądy uznają, iż faktura wygenerowana i przesłana elektronicznie nie może być skutecznie wprowadzona do obrotu prawnego. W praktyce może to oznaczać np. że podatnik nie ma prawa do obniżenia na jej podstawie VAT.

Organy podatkowe argumentują, że na podatniku ciąży obowiązek "wystawienia faktury", a to oznacza sporządzenie dokumentu i wręczenie lub doręczenie go kontrahentowi. Zdaniem organów podatkowych przepisy nie dopuszczają przesyłania faktur np. w formie pliku PDF.

Gazeta Prawna podaje, że taką interpretację potwierdził m.in. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Krakowie w wyroku z 17 marca 2009 r. Jego zdaniem sam sposób przekazania faktury papierowej kontrahentowi może być dowolny, ale nie jest to dopuszczalne poprzez systemy elektroniczne. WSA nie zgodził się też, aby obie strony drukowały fakturę pobieraną przez system elektroniczny.

Swoją opinię w tej sprawie do Dziennika Internautów przesłała także kancelaria prawnicza Rachelski i Wspólnicy. Jej zdaniem faktury mogą być wystawiane, przesyłane i przechowywane w formie elektronicznej pod warunkiem, że autentyczność ich pochodzenia i integralność ich treści będą zagwarantowane bezpiecznym podpisem elektronicznym w rozumieniu ustawy z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym.

Podpis jest weryfikowany za pomocą ważnego kwalifikowanego certyfikatu lub poprzez wymianę danych elektronicznych (EDI) zgodnie z umową w sprawie europejskiego modelu wymiany danych elektronicznych. Taka umowa dotyczyć musi tej wymiany, przewidywać stosowanie procedur gwarantujących autentyczność pochodzenia faktury i integralność danych.

- Przedmiotową kwestię szczegółowo reguluje rozporządzenie Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania oraz przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania oraz udostępniania organowi podatkowemu lub organowi kontroli skarbowej tych faktur – podaje kancelaria Rachelski i Wspólnicy.

Kancelaria zwraca uwagę, iż w owej sprawie warto mieć na uwadze wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z dnia 19 października 2007 r. Sąd orzekł w nim, iż jeżeli dostawca usługi lub towaru (kontrahent) zamierza odstąpić od ustawowego obowiązku i korzystać z systemów komputerowych, powinien czynić to zgodnie z przepisami określonymi w ww. rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r.

Tu również sąd podkreślił, iż nie jest prawidłowe wystawianie dla kontrahenta faktury i pobieranie jej przez zainteresowanego poprzez system elektroniczny, a następnie drukowanie na materiałach piśmiennych i traktowanie jako dokumentu na piśmie. Według interpretacji Sądu taka praktyka nie jest zgodna z regulacjami powyższego rozporządzenia oraz ustawy z dnia 18 września 2001 r. o podpisie elektronicznym. Może być uznana za próbę obejścia prawa.