NSA w pierwszym merytorycznym orzeczeniu kończącym postępowanie tego rodzaju potwierdził, że podatnicy, którzy w latach 2018–2021 limitowali koszty uzyskania przychodów na podstawie art. 15e ustawy o CIT, a następnie otrzymali nadpłaty podatku wskutek uzyskania decyzji APA, mają prawo do dodatkowego oprocentowania tych nadpłat za cały okres oczekiwania. Informację o wyroku opublikował EY (Ernst & Young), firma doradcza reprezentująca podatnika w tej sprawie.

NSA i wyrok ws. oprocentowania nadpłat APA: co dokładnie orzeczono?

APA, czyli uprzednie porozumienie cenowe (ang. Advance Pricing Agreement), to decyzja Krajowej Administracji Skarbowej potwierdzająca, że ceny stosowane w transakcjach między podmiotami powiązanymi są zgodne z zasadą arm's length – czyli takimi, jakie ustaliłyby podmioty niezależne.

• Dla wielu spółek uzyskanie APA pozwalało na pełne zaliczenie do kosztów wydatków na usługi niematerialne (np. licencje, opłaty za zarządzanie), które bez porozumienia podlegały limitowaniu na podstawie art. 15e ustawy o CIT.

Problem w tym, że art. 15e CIT obowiązywał w latach 2018–2021 i przez cały ten czas firmy czekały w kolejce na decyzje. KAS wydała w latach 2018–2024 łącznie 469 APA na 739 złożonych wniosków, z czego ponad 75% zawartych porozumień dotyczyło właśnie ograniczeń z art. 15e.

• Na początku 2024 r. blisko 60% wszystkich postępowań w toku nadal obejmowało wnioski związane z tym przepisem – wynika z II edycji raportu KAS z marca 2025 r.

NSA stwierdził, że brak wyraźnych przepisów regulujących oprocentowanie nadpłat za okres oczekiwania na APA stanowi tzw. lukę aksjologiczną – czyli lukę sprzeczną z wartościami przyjętymi przez ustawodawcę. Uzupełnienie tej luki w drodze analogii nakazuje przyznanie podatnikom dodatkowego oprocentowania. Sąd podkreślił przy tym, że zakaz stosowania analogii w prawie podatkowym odnosi się wyłącznie do nakładania obowiązków na podatnika – nie do przyznawania mu ochrony.

„Podatnicy nie mogą być obciążani negatywnymi konsekwencjami opóźnień leżących po stronie organów administracji" – stanowisko NSA przywołane w komunikacie EY.

Czy wyrok NSA ws. APA jest precedensem?

Argumentacja NSA o luce aksjologicznej i analogii nie jest nowa. Sąd stosował ją już wcześniej w innych kontekstach oprocentowania nadpłat – m.in. w wyroku z 7 marca 2025 r. (sygn. II FSK 904/22), dotyczącym oprocentowania nadpłaty po uchyleniu interpretacji indywidualnej, oraz w wyroku z 4 września 2024 r. (sygn. II FSK 1441/21), gdzie NSA wykluczył różnicowanie podatników w prawie do oprocentowania nadpłaty.

• Nowością jest zastosowanie tej linii orzeczniczej konkretnie do kontekstu APA – co istotne.

Rynek usług odzyskiwania nadpłat CIT z tytułu art. 15e jest bardzo aktywny

Analogiczne usługi jak EY, oferują KPMG (która w kwietniu 2025 r. opublikowała własną analizę prawną i wygrała przed NSA wyrok III FSK 892/23 ws. zwrotu opłaty za APA), ALTO (promujące odzyskiwanie nadpłat CIT za usługi niematerialne od 2021 r.) oraz DZP, które wygrało przed NSA spór o oprocentowanie nadpłat WHT dla funduszy inwestycyjnych. 

Poniżej zestawienie głównych firm doradczych aktywnych w tym segmencie:

Jak odzyskać oprocentowanie nadpłaty CIT z tytułu APA? Kroki praktyczne

Jeśli Twoja firma składała wnioski o APA w związku z art. 15e CIT i w wyniku uzyskanej decyzji otrzymała zwrot nadpłaconego podatku za lata 2018–2021 – masz podstawy, by ubiegać się o dodatkowe oprocentowanie tej nadpłaty. Wyrok NSA otwiera drogę, ale sam w sobie nie działa automatycznie. Konieczne jest aktywne działanie.

1. Sprawdź, czy Twoja firma objęta jest zakresem wyroku – dotyczył on podatników limitujących koszty z art. 15e CIT w latach 2018–2021, którzy następnie uzyskali APA.
   
   
2. Zweryfikuj daty postępowania APA – ustal, ile rzeczywiście trwało postępowanie (od złożenia wniosku do wydania decyzji). Ustawowy termin wynosił 6 miesięcy; każdy miesiąc przekroczenia to potencjalna podstawa oprocentowania.
   
   
3. Oblicz potencjalną kwotę oprocentowania – oprocentowanie nadpłat wynosi tyle co odsetki ustawowe; przy wieloletnich opóźnieniach kwoty mogą być znaczące.
   
   
4. Złóż wniosek o stwierdzenie nadpłaty lub o wypłatę oprocentowania – do właściwego naczelnika urzędu skarbowego. Wniosek powinien zawierać powołanie na linię orzeczniczą NSA stosującą analogię przy lukach aksjologicznych.
   
   
5. Skonsultuj się z doradcą podatkowym – brak sygnatury wyroku w komunikacie EY to sygnał ostrzegawczy. Przed złożeniem wniosku warto niezależnie zweryfikować orzeczenie w bazie wyroków NSA/WSA lub z pomocą doradcy.

Warto zapamiętać

• NSA przyznał prawo do oprocentowania nadpłat CIT za czas oczekiwania na APA – mimo braku wyraźnych przepisów.
• Wyrok dotyczy podatników limitujących koszty z art. 15e CIT w latach 2018–2021 – sprawdź, czy Twoja firma kwalifikuje się do ubiegania o oprocentowanie.
• Na zwrot nie poczekasz automatycznie – konieczne jest aktywne złożenie wniosku do właściwego urzędu skarbowego.

Najczęstsze pytania

Czym jest APA i dlaczego dotyczyła art. 15e CIT?

APA (uprzednie porozumienie cenowe) to decyzja Krajowej Administracji Skarbowej potwierdzająca rynkowy charakter cen w transakcjach między podmiotami powiązanymi. Uzyskanie APA pozwalało firmom na pełne zaliczenie do kosztów wydatków na usługi niematerialne, które bez decyzji podlegały limitowaniu na podstawie art. 15e CIT obowiązującego w latach 2018–2021.

Jakie oprocentowanie należy się za opóźnienie w wydaniu APA?

NSA nakazał zastosowanie zasad oprocentowania nadpłat przez analogię. Konkretna stawka oprocentowania w opisywanym wyroku nie została ujawniona w komunikacie EY. Standardowo oprocentowanie nadpłat podatkowych w Polsce odpowiada stawce odsetek ustawowych określanych przez Ministra Finansów.

Czy wyrok NSA ws. APA wiąże wszystkich podatników automatycznie?

Nie – wyrok NSA formalnie wiąże jedynie w konkretnej sprawie, w której zapadł. Może jednak kształtować linię orzeczniczą i stanowić silny argument w analogicznych sprawach innych podatników. Każda firma musi złożyć własny wniosek i samodzielnie przejść przez postępowanie.

Ile czasu mam na złożenie wniosku o oprocentowanie nadpłaty CIT?

Roszczenia podatkowe podlegają przedawnieniu. Co do zasady, zobowiązania podatkowe z art. 15e CIT za lata 2018–2021 mogą zbliżać się do terminów przedawnienia. Warto skonsultować się z doradcą podatkowym niezwłocznie, aby nie stracić prawa do dochodzenia oprocentowania.

Czy art. 15e CIT był zgodny z prawem UE?

To osobna i nierozstrzygnięta kwestia. ALTO i inne kancelarie wskazywały na potencjalną niezgodność art. 15e CIT z unijną swobodą przedsiębiorczości, powołując się na wyrok TSUE C-484/19 w sprawie Lexel. Alert EY opisujący wyrok NSA ws. APA tego wątku nie porusza – ale podatnicy mogą rozważyć tę ścieżkę równolegle.

Źródła:

• Komunikat prasowy EY – Alert podatkowy ws. wyroku NSA dot. oprocentowania nadpłat APA
• II edycja Raportu KAS dot. uprzednich porozumień cenowych, marzec 2025
• Baza orzeczeń NSA/WSA – orzeczenia.nsa.gov.pl (wyroki II FSK 904/22, II FSK 1441/21, III FSK 892/23, III SA/Wa 2751/24)
• Analiza KPMG dot. oprocentowania nadpłat CIT z art. 15e, kwiecień 2025
• Analizy ALTO dot. niezgodności art. 15e CIT z prawem UE (wyrok TSUE C-484/19, sprawa Lexel)

Foto: Freepik